钦差，真正朝廷的经制之官，是布按两司，部院往往直接绕过巡抚下令，被巡抚认为是干扰地方行政。虽然现在虽然督抚权力扩张，布、按二司即已被确定为督抚属吏，但布政司在财政事务上须直接对户部负责，不必通过督抚。按察使司也必须对刑部负责，所以很多时候部院和巡抚也存在很大的矛盾。

一些强势的巡抚们就认为：“国家设官，内外各有责成，各部司员，受成于堂官，而不得径行之于疆吏。各省僚佐，察承于班吏，而不能径达于部曹，此内外之权限也。如部臣以疆吏为不足问，而与司道直接，则疆吏为虚设。”

他们认为部院越过巡抚直接干涉布按二司，使得巡抚、总督这样的封疆大吏无法有效行使职权，但是部院又认为布按二司在具体政务上是要对部院负责的，所以部院直接给布按二司下达命令也是合情合理的，双方为此争执不休。

这个问题现在也摆到了朱载坖的面前，朱载坖必须首先解决这个问题，才能够推动后面的改革。