镇长家庭，西班牙-他加禄混血种人。 幼年丧父，帮助寡母管理农场。其后在马尼拉圣陶托马斯大学毕业。1895年1月，继其父之后当选卡维泰埃尔别的市长，为该市获得自治，并建市后首任市长。

1894年阿奎纳多由博尼法西奥介绍加入“卡的普南”。1896年8月31日在卡维泰领导起义，占领甲米地全省。10 月31 日公开同“卡的普南”的纲领唱对台戏。年底，博尼法西奥把总部迁到甲米地，阿奎纳多拒不服从其领导，造成了甲米地两个革命组织对立的局面。

由于阿奎纳多害怕革命的深入发展，特别是害怕农民土地革命会危害地主资产阶级利益，便纠集甲米地的地方势力，借口博尼法西奥没有充任领袖的教育程度，使用阴谋手段篡夺了革命领导权，取缔了“卡的普南”。随后，在袭击中击伤并俘获了博尼法西奥，于1897 年5 月10 日，以捏造的“叛国罪”将其杀害。同时，由于担心华人武装势力的壮大，阿奎纳多借故驱赶走起义军中的华人部队刘亨赙部。

后来，在面对强大西班牙殖民军之时，阿奎纳多以团结对抗人民革命军入侵为由，收取西班牙殖民军的80万比索贿赂，带领起义军接受了西班牙殖民军的改编。

1897年6月12日，英国在马尼拉的一个商务代表，私下会晤了阿奎纳多，邀请他到香港会谈。6月15日，在人民革命军海军攻占阿奎纳多老家附近的甲米地海军基地之后，他便随那个英国商务代办到了香港，并获得了大量武器弹药，以及一支由欧洲人、日本人指挥的雇佣兵。6月20日，凭借着运回了大量军火以及雇佣兵，加上马尼拉的西班牙殖民军无暇他顾，阿奎纳多觉得建国时机己成熟，便在6月25日宣布建国。